O Colégio São Luís tem estrutura de gestão ligada diretamente ao governo dos jesuítas no Brasil (Superior Provincial) e à sua entidade mantenedora (Associação Nóbrega de Educação e Assistência Social – ANEAS) e articulada pela Rede Jesuíta de Educação (RJE).
O CSL tem uma diretoria composta por Reitoria, Diretoria-Geral, Diretoria Acadêmica, Diretoria de Desenvolvimento Institucional e Diretoria Administrativa e Financeira. O funcionamento de cada área está garantido por uma estrutura própria, processos e procedimentos e profissionais capacitados. A integração entre as áreas está assegurada pelo Conselho Diretor, que reúne o reitor, a diretora-geral e os titulares das três diretorias.
A estrutura foi cuidadosamente planejada para garantir o acompanhamento dos processos e das pessoas, especialmente na área acadêmica, onde são feitos os maiores investimentos em inovação e melhoria da aprendizagem.
